Sinop'ta ilk müzecilik faaliyetleri 1921 yılında başlamıştır. Etrafı surlarla çevrili ilin batısındaki nekropolünden ve gerekse şehir içindeki yapılanma nedeniyle temel hafriyatlarından ortaya çıkarılan eserler, 1921 yılından itibaren Atatürk'ün 1928 yılında yeni harfleri Sinop halkına tanıttığı Mekteb-i İdadi'de toplamaya başlanmıştır. 1932 yılında ise, eser miktarın artması ile 1262 yılında Selçuk Veziri Müinüddin Pervane tarafından yaptırılan Pervane Medresesi'ne nakledilen eserler, burada depolanmaya devam edilmiş ve ilk müzenin çekirdeği oluşturulmuştur. 1941 yılında ziyarete açılan Müze, 1945 yılında memurluk ve 1947 yılında müdürlük olmuş ve bir süre sonra da yine memurluk olarak faaliyetini sürdürmüştür. 1951-1953 yılları arasında İlimiz Demirciköy'de Kocagöz Höyük ve İl merkezinde müze avlusunda bulunan Serapis Mabedi'nde Türk Tarih Kurumu Adına Prof. Ekrem AKURGAL Başkanlığında ve Münster Üniversitesi adına Dr. Ludwig BUDDE ile müşterek başlatılan kazılardan sonra, Prof. Ekrem AKURGAL'ın Genel Müdürlüğümüze bir müzenin kurulması istemiyle verdiği rapor gereği 1968 yılında Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü Merhum Hikmet GÜRÇAY'ın çabaları ile Belediye'den temin edilen hibe bir arsa üzerine, içinde Selçuklu Türbesi ve Serapis Mabedi temeli bulunan alanda, inşaat başlatılarak 1970 yılında yeni modern müze binası bitirilerek yeniden müdürlük olarak hizmete açılmıştır.