Şanlıurfa'da bir müze açılması fikri 1948 yılında oluşmaya başlamış ve mevcut eserlerin Atatürk İlkokulu'nda bir depoda toplanması sonucunda müzenin kuruluşu ile ilgili ilk teşebbüs gerçekleşmiştir. 1956 yılında müze için Şehit Nusret İlkokulu'nda bir yer ayrılarak eserler burada depolanmıştır. Müze için ayrılan bu mahallin yeterli olmaması ve yörenin binlerce yıllık tarihini belgeleyen zengin kültür varlıklarını sergileme ihtiyacı yeni bir müze binasının yapımını gerektirmiştir. 1965 yılında Şehitlik mevkiinde, 1500 m² lik bir alan üzerinde müze binasının inşaatına başlanmıştır. Binanın yapımı ve teşhir tanzim işlerinin tamamlanmasını takiben Şanlıurfa Müzesi 1969 yılında ziyarete açılmıştır. Zengin bir tarihi geçmişi olan Şanlıurfa yöresi pek çok Höyük ve eski iskân yerine sahip bulunmaktadır. İl merkezinin 44 km. güneydoğusunda adını verdiği ovada yer alan kendine özgü sivil mimarisi ile büyük ilgi toplayan Harran bunların en önemlilerinden biridir ve M.Ö.III binden M.S. XIII. yüzyıla kadar kesintisiz iskân edilmiştir. Bölgede; Atatürk Barajı, Birecik Barajı ve Kargamış Barajı göl aynası altında kalan yerleşimlerde, kurtarma kazıları yapılması planlanmıştır. 1987 yılından itibaren Atatürk Barajı suları altında kalan Lidar Höyük ve Hassek Höyük'te yabancı bilim heyetlerince; Çavi Tarlası ve Nevali Çori'de ise Şanlıurfa Müze Müdürlüğü tarafından kurtarma kazıları yapılmıştır.