Kariye eski Yunanca kent dışı (kırsal alan) anlamındaki Khora sözcüğünün Türkçeleşmesidir. V. yy.’da yapılan şehir surlarından önce sur dışında bir şapelin varlığı bilinmekte olup, bu şapelin yerine ilk Khora Kilisesi, Justinianus tarafından (527–565) yeniden yaptırılmıştır. Kommenoslar döneminde Blakhernai Sarayının yakınında olduğu için kilise önemli dini merasimlerde saray şapeli olarak kullanılmıştır. XI.yy. sonlarında İmparator I. Alexios’un (1081-1118) kayınvalidesi Maria Daukaina, kiliseyi yeniden inşa ettirmiştir.Latin istilası (1204–1261) sırasında bu kilisede tahrip edilmiş, II. Andronikos (1282- 1328) döneminde Sarayın Hazine Nazırı Theodoros Metokhites (1313) tarafından onarılan kilisenin kuzeyine bir ek, batısına exonarteks ve güneyine şapel (Parekklesion) eklenmiş mozaik ve fresklerle bezenmiştir. Kariye’deki mozaik ve freskler Bizans resim sanatının son dönemine (XIV. y.y.) ait en güzel örneklerdir. Bu mozaik ve fresklerdeki derinlik figürlerin hareket ve plastik değerlerinin verilişi, figürlerdeki uzamalar bu dönemin üslubudur. Kariye, 1453 yılında İstanbul’un fethinden sonra Kilise olarak kullanılmış, 1511 Vezir Hadım Ali Paşa tarafından camiye çevrilmiştir.1945 yılında müzeye dönüştürülmüş, 1948–1958 yıllarında Amerikan Bizans Enstitüsü’nün yaptığı mozaik ve freskoların üzeri açılarak ortaya çıkarılmıştır.