anakkale Deniz Müzesi; Çanakkale il merkezinde 1915 Deniz ve Kara Savaşları'nın anlatımına yönelik bir bilgilendirme kompleksinin bulunmaması nedeniyle bu ihtiyacı karşılamaya yönelik çalışmalar sonucunda 18 Mart 1915 Deniz Zaferinin 67. yıl kutlama programı kapsamında kurulmuştur. Çimenlik Kalesi'nde mevcut top koleksiyonuna ilave olarak, gönüllülerden oluşturulan bir ekip tarafından savaş alanlarında yüzey taraması yapılmış; komutanlık arşivleri ve envanterleri taranmış, özel kişi ve kuruluşlardan bağışlanan malzemelerin bir araya getirilmesiyle de bu koleksiyon zenginleştirilmiştir. Çimenlik parkı içinde bulunan 1927 tarihli bina müze binasına dönüştürülmüş; 1954 tarihli binanın birinci katı boşaltılarak, Müze İdari Binası olarak düzenlenmiştir. 18 Mart 1915 Deniz Zaferi'nin kahramanı olan Nusrat Mayın Gemisi'nin İstanbul Tersane Komutanlığınca 1/1 ölçekli tıpkı yapımının park içinde özel olarak hazırlanan platformuna yerleştirilmesi ile müzenin mekansal yapılaşması tamamlanmıştır. Bu çalışmalar neticesinde 18 Mart 1982'de Çanakkale Boğaz Komutanlığı Müzesi ismi ile açılışı yapılmıştır. Müze, 1991 yılına kadar Merkez Komutanlığının kontrolünde tek kadrolu devlet memuru ile faaliyetlerine devam etmiştir. Bu tarihten itibaren müzenin ismi Askeri Müze Müdürlüğü olarak değiştirilmiş ve kadrosuna ilk rütbeli personel atanmıştır. Deniz Kuvvetleri Komutanlığının direktifleri ile 1995 yılında müze sergi düzeni yenilenmiş ve 1999 yılına kadar bu sergi düzeni korunmuştur. 1999 yılında mevcut sergi düzeni bozulmadan, modern müzecilik anlayışına uygun çalışmalar ile günümüz müzecilik uygulamalarına başlanmıştır. Bu kapsamda, bazı bölümlerde interaktif anlatıma geçilmiştir. Müze sergi kurgusu 2000 yılında yeniden ele alınarak çağdaş müzecilik kriterleri içinde kurgulanmıştır. Buna paralel olarak hazırlanan uygulama projeleri doğrultusunda çalışmalara devam edilmektedir. Müze bünyesinde oluşturulan kitaplık 2002 yılında Çanakkale İhtisas Kütüphanesi olarak düzenlenmiş, 2003 yılında Deniz Kuvvetleri Komutanı emriyle ihtisas alanındaki tüm dökümanları toplayacak şekilde çalışmalara başlanmış ve döküman tedarikine devam edilmektedir. Envanterindeki eserler, sergileme ve korumaya yönelik müzecilik uygulamaları ile yoğun yerli ve yabancı ziyaretçi potansiyeli göz önüne alındığında müzenin 1nci sınıf Askeri Müzelerin tanımına girdiği değerlendirilmiştir. Buna paralel olarak da girişilen çalışmalar sonucunda 22 Ağustos 2003 tarihinde 25207 sayılı Resmi Gazete'de Askeri Müzeler Yönetmeliğine Askeri Müze Müdürlüğü, Çanakkale Deniz Müzesi Komutanlığı adı ile ilave edilerek 1nci sınıf Askeri Müzeler statüsüne alınmıştır. Buna bağlı olarak Mayıs 2004 tarihinden itibaren yeni kadrosu oluşturulmuş ve yeni kadro teşkilatı içinde atamalara başlanmış