İlk Arkeoloji Müzesi, üç senelik eser toplama ve derleme çalışmalarından sonra, 1924’te, Basmane Kapılar semtinde kurulmuş, sonrasında 1927 yılında, Ayavukla (Gözlü) Kilisesi’nde ziyarete açılmıştır. 1951 yılında, Kültürpark’ta, ikinci bir Arkeoloji Müzesi daha hizmete girmiştir. Çevresindeki antik kentlerden gelen eserlerin yoğun olmasından dolayı yeni bir müzeye ihtiyaç duyulmuştur. Bunun üzerine; Konak’ta, Bahribaba Parkı içinde 5000 m2’lik alandaki yeni müze binası, 11 Şubat 1984 yılında ziyaretçilere açılmıştır. Üç katlı olan müze binasında; zemin katta tüm eserlerin ayrı kategorilerde korunup saklandığı eser depoları, restorasyon laboratuvarları, kütüphane ve arşiv bulunurken, ilk katta; idari bölümler yer almaktadır.